
En 1939 comienza a estudiar en la Escuela de Bellas Artes, donde fue alumna de Pablo Burchard y Jorge Caballero. Su trayectoria en inicio se construye como figurativa, siendo nombrada en 1955 como ayudante de una cátedra de dibujo y pintura; también dictó un curso de acuarela en los cursos de iniciación de bellas artes en la Universidad de Chile.
Dos años más tarde es nombrada profesora interina en la universidad obteniendo cursos de jornada completa, siempre incursionando en posibles nuevas formas de comunicar, buscando nuevos lenguajes, formas, espacios y colores. Con este conocimiento, Matilde se hace parte del Grupo Rectángulo que nace a raiz de una exposición en la que Ramón Vergara, Gustavo Poblete, Waldo Vila, Elsa Bolívar y James Smith, mostraron su obra a modo de un manifiesto personal. Ellos quisieron
exponer fundamentos y objetivos, posicionándose como los primeros artistas visuales que, en Chile, reflexionaban con teoría del arte sobre conceptos. Participó ahí durante 5 años, hasta que es becada para viajar a Europa a perfeccionarse en el arte cinético. Matilde Pérez fue la primera chilena en experimentar este tipo de arte,
recibiendo influencia del argentino Julio Le Perc.
Su trabajo se destacó por sólidas estructuras, rigor de composición y control del color y la línea y formó el “Centro de Investigaciones Cinéticas” en la Escuela de Diseño de la Universidad de Chile, entre otras cosas.